生蠔的外殼是不可以吃的。生蠔外殼的主要成分是蛋白質和幾丁質，結構和生蠔肉不同，因此質地十分堅硬，是不能消化吸收的部分；并且生蠔殼外部有大量的藻類和細菌，食用影響身體健康，一些散落在生蠔肉中細小的碎殼也是不能吃的，要挑出來。

另外，生蠔內部有綠色或者黑色的內臟團，最好也不要吃。

生蠔雖然整個都可以食用，但是生蠔內部還是有個腸腺團的，主要是生蠔的內臟和腸腺，里面有一些生蠔吃的海藻等殘留，因此生蠔的內臟團可以不必食用。