繳費標準不同：在繳費金額上，社保遠高于新型農村合作醫療制度。新型農村合作醫療制度的年繳費金額僅為200元左右，而社會保障制度的最低繳費金額為每年1000元以上，而且工資越高，繳納金額越高。

報銷比例不同：社保中的醫療保險主要用于醫療報銷，包括住院醫療費用報銷、生育補貼報銷和一般門診費用報銷。在新型農村合作醫療制度下，由于不同地區的報銷比例不同，門診服務報銷范圍大于社會保障服務報銷范圍。除了住院賠償，還有大病保險。從各醫院的報銷比例和范圍可以看出，新型農村合作醫療制度在鄉鎮衛生院的報銷比例較高，而市級及以上醫院的社會保障制度報銷比例較高。但報銷比例隨著醫院級別的提高而降低。

參保范圍不同：社保主要有正式工作或在城市，可以參加社保；而新型農村合作醫療，只有農村戶口可以辦理。

參保年限不同：在大多數地區，男性需要繳納25年的社會保險，女性需要繳納20年的社會保險。達到退休年齡的，可享受退休后免交，但仍享受醫療保險報銷待遇。另一方面，新型農村合作醫療制度只保障一年。

新農保和社保沖突嗎？

兩者同時繳納會產生沖突，由于新農保屬于社會養老保險中的一個組成部分，若是已經參加了新農保，將無法參加城鎮職工養老保險，但是兩者之間是可以相互轉移的，通俗來說就是，用戶之前繳納了城鎮職工養老保險繳費的年限可以轉移至后來參加的新農保的年限中。

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