獨資企業應交個人所得稅而不是企業所得稅，根據《國務院關于個人獨資企業和合伙企業征收所得稅問題的通知》規定：個人獨資企業和合伙企業停止征收企業所得稅，其投資者的生產經營所得，比照個體工商戶的生產、經營所得征收個人所得稅。

個人獨資企業每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失后的余額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5％—35％的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。其中收入總額，是指企業從事生產經營以及與生產經營有關的活動所取得的各項收入，包括商品(產品)銷售收入、營運收入、勞務服務收入、工程價款收入、財產出租或轉讓收入、利息收入、其他業務收入和營業外收入。

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