rimer-BLAST的輸入Primer-BLAST界面包括了Primer3和BLAST的功能。提交的界面主要包括三個部分：targettemplate（模板區）,theprimers（引物區）,和specificitycheck（特異性驗證區）。跟其它的BLAST一樣，點擊底部的“Advancedparameters”有的參

這個工具整合了目前流行的Primer3軟件，再加上NCBI的 Blast進行引物特異性的驗證。那該怎么使用呢？一起來看看吧！

材料/工具

計算機

方法

Primer-BLAST的輸入：Primer-BLAST界面包括了Primer3和BLAST的功能。提交的界面主要包括三個部分：target template（模板區）, the primers（引物區）, 和specificity check（特異性驗證區）。跟其它的BLAST一樣，點擊底部的“Advanced parameters”有更多的參數設置。

不就是說你的上游引物沒法在你所輸入的序列上發現，你確認下序列號和引物序列都對不對。

模板（Template） 在“PCR Template”下面的文本框，輸入目標模板的序列，FASTA格式或直接用Accession Number。如果你在這里輸入了序列，是用于引物的設計。Primer-BLAST就會根據你輸入的序列設計特異性引物，并且在目標數據庫（在specificity check區選擇）是唯一的。

如何利用NCBI中的Primer-BLAST設計引物 首頁 問題 全部問題 經濟金融 企業我們會通過消息、郵箱等方式盡快將舉報結果通知您。 說明 0/200 提交 取消 新手

引物（Primers） 如果你已經設計好了引物，要拿來驗證引物的好壞。可以在Primer Parameters區填入你的一條或一對引物。并且選擇好驗證的目標數據庫（在specificity check區選擇）。根據需要可設置產物的大小，Tm值等。

organism這項覺得可以默認不填，因為你要搜索的物種表達方式可能會有好幾種。不填的話搜索的范圍會更全，更能檢測你的產物特異性。

特異性（Specificity） 在specificity check區，選擇設計引物或驗證引物時的目標數據庫和物種。這一步是比較重要的。這里提供了4種數據庫：RefSeq mRNA, Genome (selected reference assemblies), Genome (all chromosomes), and nr (the standard non-redundant database)。前兩個數據庫是經過專家注釋的數據，這樣可以給出更準確的結果。特別是，當你用NCBI的參考序列作為模板和參考序列數據庫

你的意思是引物特異性不好，會將同源基因克隆出來？ 如果這樣的話可以適當的增加引物bp數，或者是讓引物跨編碼區與非編碼區，還有就算特異性不好還可以在克隆的時候降低退火溫度來調節。

作為標準來設計引物時，Primer-BLAST可以設計出只擴增某一特定剪接變異體基因的特異引物。selected reference assemblies 包括以下的物種： human, chimpanzee, mouse, rat, cow, dog, chicken, zebrafish, fruit fly, honeybee, Arabidopsis, 和 rice。Nr數據庫覆蓋NCBI所有的物種。

數據庫構建基于ncbi收錄的所有核酸序列對你提交的序列或者引物進行比對，設計的引物可以跨內含子，外顯子等等等。不錯的。 misprimed product沒看到過，不知道

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NCBi primer-blaet 引物設計輸入DNA templete時如何區分內含子和外顯子

這個軟件有明確說明：“A refseq mRNA sequence (for example an entrez sequence record that has accession starting with NM_) allows the program to properly identify the corrsponding genomic DNA and thus find correct exon/intron boundaries.”

你不需要輸入內含子，但是在輸入序列的時候必須是NM_打頭的記錄，這樣軟件自動會根據基因組的序列找到內含子和外顯子的交接區

如何將ncbi的dna數據導入primer5.0

首先打開NCBI，將查找范圍選定為Nucleotide，輸入關鍵詞，找到目的序列

首先肯定是要有保存好的基因序列，這里我是從NCBI上保存的DNA序列

然后，打開Primer應用程序，單擊Activate Product進行激活。打開新的GenTank核酸窗口

打開保存的DNA序列

點擊Primer，查找引物

然后點擊Search，參考參數尋找合適的引物

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這個軟件有明確說明：“A refseq mRNA sequence (for example an entrez sequence record that has accession starting with NM_) allows the program to properly identify the corrsponding genomic DNA and thus find correct exon/intron boundaries.”

你不需要輸入內含子，但是在輸入序列的時候必須是NM_打頭的記錄，這樣軟件自動會根據基因組的序列找到內含子和外顯子的交接區

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首先肯定是要有保存好的基因序列，這里我是從NCBI上保存的DNA序列

然后，打開Primer應用程序，單擊Activate Product進行激活。打開新的GenTank核酸窗口

打開保存的DNA序列

點擊Primer，查找引物

然后點擊Search，參考參數尋找合適的引物

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